Grænhöfðaeyjar voru óbyggðar allt til ársins 1460 þegar Portúgalar sigldu þangað fyrstir Evrópubúa og gerðu eyjarnar að nýlendu sinni. Þeim leist vel á gróðursælt landið og fóru fljótlega að flytja inn þræla frá vesturströnd Afríku til að vinna erfiðisvinnuna við landbúnaðinn. Þessir þrælar blönduðust seinna Portúgölunum og til varð þjóðflokkur Kreóla.
Á fyrstu áratugunum eftir að eyjarnar byggðust var búsældarlegt þar og portúgölsku landnemarnir högnuðust vel á þrælasölunni.
Árið 1774 skullu hins vegar á fyrstu þurrkarnir sem urðu síðan reglulegir (komu á u.þ.b. fimm ára fresti) og ástand eyjanna fór sífellt versnandi. Ekki hjálpaði ofbeit og eyðing skógar og jarðvegs.
Á 19. og 20. öld dóu yfir 100.000 íbúar eyjanna hungurdauða.
Árið 1876 var þrælaverslun afnumin og velmegunin sem ríkti á eyjunum í byrjun hvarf endanlega. Þær voru þó enn mikilvægar fyrir skip á siglingaleiðum um mið-Atlantshafið og þá sérstaklega höfnin í Mindelo sem er á eynni Sao Vicente. Áður en Suezskurðurinn opnaði var Mindelo næstfjölfarnasta hafnarborg heims á eftir Boston.
Árið 1951 breyttust eyjarnar úr portúgalskri nýlendu í utanlandshérað og árið 1961 fengu íbúar eyjanna full borgararéttindi í Portúgal.
Sjálfstæðishreyfing var starfandi í landinu, raunar sameiginleg þeirri sem var í Gíneu-Bissá á meginlandinu sem einnig var portúgölsk nýlenda. Hún var skammstöfuð PAICV.
5. júlí árið 1975 fengu Grænhöfðaeyjar sjálfstæði.
Árið 1981 sleit stærsti sjórnmálaflokkur eyjanna sambandi við PAICV og Gíneu-Bissá.
Árið 1995 voru fyrstu þingkosningarnar og 1996 var Antonio Mascarenhas Monteiro kjörinn forseti.
Núverandi forseti heitir Pedro de Verona Rodrigues Pires en hann var kjörinn árið 2006.